La Universidad Andina Simón Bolívar tiene por máxima autoridad al Consejo Superior, que está constituido por "el Presidente del Consejo, el Rector de la Universidad, cuatro miembros principales y sus respectivos alternos, representando a cada país (a excepción de aquél del que proceda el Presidente), electos por la Asamblea del Parlamento Andino y el Rector de la Universidad de "San Francisco Xavier de Chuquisaca".

El Presidente del Consejo Superior, es "el representante directo del Parlamento Andino en la Universidad Andina". Ejerce sus funciones en el país donde reside.

El Rector de la Universidad, es "el principal funcionario de coordinación, dirección académica y administrativa de la Universidad." Es designado por el Consejo Superior. Goza de "la más alta jerarquía académica y administrativa sobre los rectores de las sedes nacionales" y reside en la Sede Central de la Universidad.

El Consejo Académico de la Universidad, es el ente encargado de la coordinación académica general de la Universidad, está conformado por el Rector, los Rectores de las sedes nacionales, los directores de las oficinas de los países donde no haya sede nacional y un representante del personal académico.

Los Comités de Coordinación Académica,funcionan en la Sede central y en cada Sede nacional, y tienen la función de apoyar al Rector en la conducción académica de la Universidad.